キリシタン武将、三木半太夫の息子。安土セミナリヨの第1期生。 22歳でイエズス会のイルマン(修道士)となる。秀吉の禁教令により 大阪で布教活動をしているときに捕らえられ、京都市中引き回しの後、 長崎西坂で殉教。日本二十六聖人の一人として、 遺骨は日本二十六聖人記念館に納められている。 1862年、教皇ピオ9世によて二十六殉教者の1人として列聖された。